组织领导。为保证仙林大学城建设的顺利进行，省政府专门成立了分管省长挂帅、有关部门负责人参加的领导小组，负责建设过程中重大事项的决策和协调；市委、市政府把仙林大学城建设作为全市实施沿江开发战略、发展高等教育产业、加快南京现代化中心城市建设的重要内容，专门成立仙林大学城管理委员会，作为市政府的派出机构，代表市政府履行地区的经济、行政管理职能。同时，组建国有独资仙林大学城开发有限公司，负责土地统一征用和地区建设。为进一步提高工作效率，市政府规划、土地等有关职能部门按照“业务工作实行双重领导，事权统一于管委会”的原则，或在大学城管委会设立分支机构，或授权管委会办理各项审批手续，全力支持、配合做好各项工作。大学城管委会采取“一站式”办公，一个窗口对外服务，并严格执行“首问负责制”和“限期办结制”，进一步明确了职责，理顺了体制，为大学城的发展和各高校的建设提供了良好的政策环境和运行机制。

　　规划建设与管理。为进一步突出规划的龙头地位和指导作用，大学城启动建设伊始，管委会就会同市规划部门邀请国内外著名规划单位，对地区范围内的各项规划重新予以修编，力争使规划总体水平在全国处于领先地位。为保证按规划实施的力度，确保高标准的规划得以落实，规划建设方案一经确定，管委会即对规划范围内在建项目全部实行冻结，并进行清理，符合规划的经管委会批准后方可续建，不符合规划的立即调整。在进驻高校的规划布局上，严格按照大学城总体规划进行控制，以市场和行政审批管理手段引导各校园建设，不仅要功能完善、结构合理、各具特色，而且要与大学城整体建筑风格协调一致。同时，相关学科和功能布局相对集中，为学校未来发展和教育布局进一步调整留有余地，并为将来实现教育资源全部共享留有足够的空间。

　　征地拆迁和劳力安置。大学城规划范围内的用地，属学校部分的由各进驻院校按政策规定办理征用手续和劳动力安置，其它配套和经营性用地按建设计划由市国土资源局分批次办理征用手续，劳动力和房屋拆迁补偿全部按照全市统一文件政策规定的标准执行。